內(nèi)含子保留型可變剪接預(yù)測及可變剪接與蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)多樣性分析.pdf

1、真核生物多外顯子基因的pre-mRNA可變剪接是一種非常普遍的基因表達(dá)調(diào)控機(jī)制。通過可變剪接一個基因可以產(chǎn)生多個不同的RNA轉(zhuǎn)錄本，并進(jìn)一步表達(dá)為不同的蛋白質(zhì)，增加了蛋白質(zhì)的多樣性。高效準(zhǔn)確的區(qū)分可變剪接發(fā)生的類型對于研究可變剪接具有重要意義?？勺兗艚雍偷鞍踪|(zhì)結(jié)構(gòu)多樣性的相關(guān)性是闡明可變剪接作用機(jī)制的重要環(huán)節(jié)，對人類相關(guān)疾病的研究也具有指導(dǎo)意義。
　　本文主要研究以下兩方面的內(nèi)容：
　　（1）從ASTD數(shù)據(jù)庫獲取人類保留型內(nèi)

2、含子和組成型內(nèi)含子。首先統(tǒng)計分析了內(nèi)含子的長度分布特征，100bp-200bp的保留型內(nèi)含子在所有保留型內(nèi)含子中所占的比例最大，這說明剪接效率與內(nèi)含子的長度有關(guān)。然后，基于序列k-mer(k=1…5)信息，利用結(jié)合多樣性指標(biāo)的二次判別法，區(qū)分了保留型內(nèi)含子和組成型內(nèi)含子，五折交叉檢驗的預(yù)測總精度、敏感性和特異性均大于70％。
　　（2）基于文獻(xiàn)挖掘、Ensembl數(shù)據(jù)庫、PDB數(shù)據(jù)庫構(gòu)建了具有確定三維結(jié)構(gòu)的可變剪接蛋白質(zhì)變體數(shù)據(jù)庫

3、。從蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)差異、結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性等方面對導(dǎo)致疾病的可變剪接蛋白質(zhì)變體對和正常的可變剪接蛋白質(zhì)變體對進(jìn)行了比較分析；通過建立真實可變剪接變體集和隨機(jī)可變剪接變體集，并定義蛋白質(zhì)的多樣性增量和疏水非均一性，研究了可變剪接發(fā)生的非隨機(jī)性?？勺兗艚雍偷鞍踪|(zhì)結(jié)構(gòu)多樣性的研究顯示，雖然產(chǎn)生蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)差異較大的可變剪接事件傾向?qū)е录膊〉陌l(fā)生，但現(xiàn)有的多數(shù)可變剪接事件與隨機(jī)剪接相比卻傾向于增加蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)多樣性。我們提出了正負(fù)選擇壓力的動態(tài)平衡假說解釋了這