內含子保留型可變剪接預測及可變剪接與蛋白質結構多樣性分析.pdf

1、真核生物多外顯子基因的pre-mRNA可變剪接是一種非常普遍的基因表達調控機制。通過可變剪接一個基因可以產生多個不同的RNA轉錄本，并進一步表達為不同的蛋白質，增加了蛋白質的多樣性。高效準確的區(qū)分可變剪接發(fā)生的類型對于研究可變剪接具有重要意義。可變剪接和蛋白質結構多樣性的相關性是闡明可變剪接作用機制的重要環(huán)節(jié)，對人類相關疾病的研究也具有指導意義。
　　本文主要研究以下兩方面的內容：
　?。?）從ASTD數據庫獲取人類保留型內

2、含子和組成型內含子。首先統(tǒng)計分析了內含子的長度分布特征，100bp-200bp的保留型內含子在所有保留型內含子中所占的比例最大，這說明剪接效率與內含子的長度有關。然后，基于序列k-mer(k=1…5)信息，利用結合多樣性指標的二次判別法，區(qū)分了保留型內含子和組成型內含子，五折交叉檢驗的預測總精度、敏感性和特異性均大于70％。
　?。?）基于文獻挖掘、Ensembl數據庫、PDB數據庫構建了具有確定三維結構的可變剪接蛋白質變體數據庫

3、。從蛋白質結構差異、結構穩(wěn)定性等方面對導致疾病的可變剪接蛋白質變體對和正常的可變剪接蛋白質變體對進行了比較分析；通過建立真實可變剪接變體集和隨機可變剪接變體集，并定義蛋白質的多樣性增量和疏水非均一性，研究了可變剪接發(fā)生的非隨機性?？勺兗艚雍偷鞍踪|結構多樣性的研究顯示，雖然產生蛋白質結構差異較大的可變剪接事件傾向導致疾病的發(fā)生，但現有的多數可變剪接事件與隨機剪接相比卻傾向于增加蛋白質結構多樣性。我們提出了正負選擇壓力的動態(tài)平衡假說解釋了這