華仁杏品種資源SSR指紋圖譜構(gòu)建研究.pdf

1、華仁杏(Armeniaca cathayanaD.L.Fu et al.)是2010年發(fā)表一杏屬新種，是我國重要的木本糧油樹種之一，具有重要的生態(tài)、經(jīng)濟(jì)、社會(huì)效益。華仁杏種質(zhì)資源豐富形態(tài)標(biāo)記難以區(qū)分。植物DNA分子標(biāo)記技術(shù)是對植物基因組的直接探測，不受環(huán)境與植物生長發(fā)育階段的影響與限制，故該鑒定方法較形態(tài)標(biāo)記更為科學(xué)、準(zhǔn)確和便捷。本研究應(yīng)用SSR分子標(biāo)記技術(shù)，開發(fā)華仁杏EST-SSR引物，構(gòu)建華仁杏種質(zhì)資源的DNA數(shù)字指紋圖譜，并對其遺

2、傳多樣性進(jìn)行分析。主要研究結(jié)果如下:
　　 1、利用華仁杏材料對微衛(wèi)星熒光顯帶技術(shù)進(jìn)行了優(yōu)化與完善，發(fā)現(xiàn)在瓊脂糖凝膠電泳試驗(yàn)中，膠染法較點(diǎn)染法條帶更為清晰明亮，并且染色均勻，背景干凈，顯帶效果較佳，同時(shí)NaCl溶液具有增強(qiáng)染色的效果;在聚丙烯酰胺凝膠電泳試驗(yàn)中，膠染法和點(diǎn)染法的顯帶效果并不理想，泡染法效果最佳，并在泡染法的正交試驗(yàn)(L9(34))中發(fā)現(xiàn)，染色時(shí)間對顯帶效果影響達(dá)顯著水平，在實(shí)驗(yàn)范圍內(nèi)泡染時(shí)間越長顯帶效果越佳，另外

3、，最佳處理組合為2X染色劑、10％ NaCl、染色40min。
　　 2、利用NCBI公共數(shù)據(jù)庫下載所得的薔薇科EST序列進(jìn)行華仁杏EST-SSR引物的設(shè)計(jì)與開發(fā)，應(yīng)用SSRHunter1.3軟件對8610條無冗余EST序列進(jìn)行SSR位點(diǎn)搜索，共獲得22527條SSR，SSR出現(xiàn)的頻率為4.26％;在SSR位點(diǎn)搜索過程中，只有二核苷酸和三核苷酸兩種重復(fù)類型，并未出現(xiàn)四、五、六核苷酸重復(fù)序列;使用61對設(shè)計(jì)所得EST-SSR引物進(jìn)

4、行PCR擴(kuò)增，其中24對擴(kuò)增出清晰條帶，有效擴(kuò)增率為39.34％，10對引物具有多態(tài)性，多態(tài)率為16.39％。
　　 3、利用31對SSR引物對63份杏材料進(jìn)行PCR擴(kuò)增，共檢測到138個(gè)多態(tài)性片段，構(gòu)建了63個(gè)杏材料的SSR標(biāo)記數(shù)字化DNA指紋圖譜;綜合雜合度、PIC值、Shannon信息指數(shù)等指標(biāo)對31對SSR多態(tài)性引物進(jìn)行分析與評價(jià)，發(fā)現(xiàn)引物BPPCT030和aprigms18種質(zhì)鑒別能力最強(qiáng)，引物Pchgms2多態(tài)性較低

5、，鑒別能力較弱。
　　 4、對63份杏材料的遺傳多樣性進(jìn)行分析，并用非加權(quán)組平均法(UPGMA)聚類發(fā)現(xiàn):(1)在相似性系數(shù)為0.95處，所有供試材料都可以被區(qū)分開。(2)在相似性系數(shù)為0.65處可將63份杏材料分成4個(gè)大組，大部分華仁杏品種聚類在第二大組;‘新4號’和‘優(yōu)一’親緣關(guān)系較近，‘N34’和‘N35’關(guān)系較近;‘紫杏’、‘御杏’和華仁杏品種‘國仁’、‘N34’、‘N35’和‘豐仁’聚在一起;山杏與華仁杏品種‘11X0