中國糯玉米穗部發(fā)育相關(guān)基因的轉(zhuǎn)錄組測序與功能分析.pdf

1、糯玉米(Zea mays Sinensis)是玉米(Zea mays L.)作物中特殊的一種類型，在作物生產(chǎn)上以收取其果穗為主要收獲對象，不僅要注重產(chǎn)量性狀的選育還要重視品質(zhì)的選育，為探索其穗部發(fā)育相關(guān)性狀的基因及功能，本研究采用了我國最典型的糯玉米材料四路糯為實(shí)驗(yàn)供體，利用轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)(RNA-Seq)對幼穗分化期的四路糯的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了測序并通過生物信息學(xué)方法對穗部發(fā)育相關(guān)基因進(jìn)行了分析。本研究獲得的主要結(jié)果如下：
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2、、通過轉(zhuǎn)錄組測序，測得超過了2.4G的數(shù)據(jù)，并對所得結(jié)果序列進(jìn)行拼接，分析得到了589040個(gè)重疊序列(contigs)和129983個(gè)骨架序列(scaffolds)。
　　 2、通過G0分類分析得到有39833條序列匹配到13369個(gè)基因上，并且基因功能涵蓋在細(xì)胞組分、分子功能和生化過程三大類之中。
　　 3、通過COG分類，四路糯共有29828條序列可以被分到25個(gè)類別下。其主要基因的功能的類別前五種為：一般的功能預(yù)

3、測基因；翻譯后加工并協(xié)助蛋白質(zhì)折疊的伴侶蛋白；信號轉(zhuǎn)導(dǎo)機(jī)制；氨基酸的運(yùn)輸和代謝；翻譯中核糖體的構(gòu)成及生物轉(zhuǎn)化。
　　 4、通過拼接的四路糯cds序列與B73 cds序列做blastn分析，結(jié)果顯示總共有90463條序列可以匹配到B73 cds上；通過四路糯蛋白質(zhì)序列與B73蛋白質(zhì)序列做blastx分析，結(jié)果顯示有71619條序列可以匹配到B73蛋白質(zhì)序列上。
　　 5、通過homeobox基因家族分析，有6個(gè)基因家族能夠