基于基因次序的基因組間距離的計算.pdf

1、20世紀90年代以來，生命科學研究取得了突破性的進展，隨著人類基因組計劃的開展與現(xiàn)代生物技術的發(fā)展，人類積累的大量的生物信息數(shù)據(jù)為揭開生命奧秘提供了數(shù)據(jù)基礎。因此生物信息學的研究對象不僅有大量的序列和基因，而且有越來越多的完整基因組。試圖通過比較基因組中基因的排列順序來研究物種間的系統(tǒng)進化關系已經(jīng)成為生物信息學的一個重要研究方向。研究這種進化關系最終就是要建立一棵系統(tǒng)進化樹。而建立系統(tǒng)發(fā)生樹的關鍵就是先提出一種有效的算法計算兩兩基因組之

2、間的距離。人們已經(jīng)探索出了一些近似算法，但是，隨著數(shù)據(jù)規(guī)模的不斷擴大，基因組構造出的斷點圖越來越復雜，這些算法對基因組間距離的計算的誤差就越大。所以，積極探索更加有效的基因組間距離的算法，已成為基于基因組重組去構建系統(tǒng)發(fā)生樹這個研究領域中的重大課題，并受到越來越廣泛的關注。 本文給出計算兩個具有相同內容不同次序的基因組之間距離的算法。給定一組內容相同次序不同的基因組，構造一個完全圖，在完全圖中查找一個基因組使得它與給定的各個基因