加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析(WGCNA)篩選豬卵母細(xì)胞脂肪沉積相關(guān)基因.pdf_第1頁(yè)
已閱讀1頁(yè),還剩67頁(yè)未讀, 繼續(xù)免費(fèi)閱讀

下載本文檔

版權(quán)說(shuō)明:本文檔由用戶提供并上傳,收益歸屬內(nèi)容提供方,若內(nèi)容存在侵權(quán),請(qǐng)進(jìn)行舉報(bào)或認(rèn)領(lǐng)

文檔簡(jiǎn)介

1、脂滴作為細(xì)胞內(nèi)儲(chǔ)存能量的細(xì)胞器,能夠調(diào)節(jié)脂肪酸的貯存和利用,進(jìn)而調(diào)節(jié)能量平衡。并且具有信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、免疫等功能。在卵母細(xì)胞成熟、受精以及早期胚胎發(fā)育的過(guò)程中,脂滴是卵母細(xì)胞內(nèi)內(nèi)源性脂質(zhì)的來(lái)源,為卵母細(xì)胞提供能量。但是卵母細(xì)胞內(nèi)脂質(zhì)的異常沉積提高卵母細(xì)胞凍存的敏感性,阻礙卵母細(xì)胞凍存。
  本研究主要根據(jù)豬卵母細(xì)胞相比于其他哺乳動(dòng)物卵母細(xì)胞高脂滴含量的生理特點(diǎn),將其作為研究卵母細(xì)胞脂質(zhì)沉積的模型,利用基因芯片數(shù)據(jù)對(duì)豬卵母細(xì)胞與顆粒細(xì)胞復(fù)

2、合物轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行分析,探尋豬卵母細(xì)胞脂質(zhì)沉積的分子機(jī)理。得到主要結(jié)果如下:
  1.利用對(duì)豬卵母細(xì)胞的蘇丹Ⅲ染色和油紅O染色以及豬脂肪組織的HE染色,進(jìn)一步驗(yàn)證了豬卵母細(xì)胞內(nèi)脂滴含量豐富的生理學(xué)特點(diǎn)。
  2.為了探究豬卵母細(xì)胞脂質(zhì)沉積的相關(guān)分子機(jī)制,我們首先對(duì)豬8個(gè)組織(卵母細(xì)胞卵丘細(xì)胞復(fù)合體(COCs)、脂肪、肌肉、肝臟、肺、腎臟、血液、睪丸)進(jìn)行了非監(jiān)督層次聚類(lèi)分析,通過(guò)聚類(lèi)分析發(fā)現(xiàn)卵母細(xì)胞卵丘細(xì)胞復(fù)合體(COCs)與脂

3、肪組織屬于同一個(gè)分支下而與其他組織分開(kāi)。同為生殖相關(guān)的睪丸與卵母細(xì)胞卵丘細(xì)胞復(fù)合體聚類(lèi)距離較遠(yuǎn)。說(shuō)明豬卵母細(xì)胞卵丘細(xì)胞復(fù)合體與脂肪組織在表達(dá)模式上與其他組織相比更為相似??赡茉谥|(zhì)沉積方面存在相似之處。
  3.為進(jìn)一步探究卵母細(xì)胞與脂肪組織的相似之處,我們利用WGCNA的分析方法,對(duì)豬不同部位的8個(gè)組織進(jìn)行加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析,探尋不同組織特異表達(dá)模塊以及脂滴沉積相關(guān)模塊。最終分別在卵母細(xì)胞、脂肪、睪丸、肺、血液、肌肉中找到了

4、組織特異的模塊。并且組織特異模塊相關(guān)系數(shù)普遍達(dá)到了0.8以上,個(gè)別模塊相關(guān)系數(shù)達(dá)到了0.95以上,說(shuō)明組織特異性模塊在該組織中相對(duì)特異性表達(dá)。通過(guò)對(duì)特異模塊進(jìn)行功能富集分析,我們發(fā)現(xiàn)不同的組織相關(guān)模塊,在功能富集分析上與該組織生物學(xué)功能密切相關(guān)。進(jìn)一步證明了該方法具有較高的可靠性。
  4.最終找到一個(gè)與脂滴沉積表型高度相關(guān)的包含34個(gè)基因的模塊(r=0.9)。對(duì)該模塊的功能富集分析發(fā)現(xiàn)其主要富集在脂肪代謝過(guò)程、磷脂代謝等方面,與

5、脂滴形成過(guò)程相關(guān)。在這34個(gè)皋因中包含5個(gè)基因卵母細(xì)胞與脂肪組織特異性表達(dá)。
  5.為進(jìn)一步縮小篩選基因范圍,我們對(duì)脂滴相關(guān)模塊進(jìn)一步分析,找到10個(gè)與模塊內(nèi)其他基因相比具有較高連接度的樞紐基因。在這10個(gè)樞紐基因中有4個(gè)基因卵母細(xì)胞與脂肪組織共同高表達(dá),并且比其他6個(gè)組織顯著高表達(dá),8個(gè)樞紐基因是已經(jīng)報(bào)道的與脂肪代謝、脂滴形成、肥胖相關(guān)。其中包含脂肪酸合成酶(Fatty acid synthase(FASN))、組織蛋白酶K(

6、cathepsinK(CTSK))、白介素6(IL6)、圍脂滴蛋白(PLIN1,又稱(chēng)Perilipin)、ATP citrate lyase(ACLY)等這些已經(jīng)熟知的與脂肪代謝密切相關(guān)的基因。另外兩個(gè)基因TMEM229A和PATL1日前沒(méi)有相關(guān)報(bào)道與脂滴形成相關(guān),可以重點(diǎn)作為下一步與脂滴沉積相關(guān)研究的目的基因。
  以上結(jié)果揭示了豬卵母細(xì)胞與脂肪組織在脂質(zhì)沉積方面的共表達(dá)模式。我們最終找到了與脂滴沉積相關(guān)的模塊,并且篩選得到一些

溫馨提示

  • 1. 本站所有資源如無(wú)特殊說(shuō)明,都需要本地電腦安裝OFFICE2007和PDF閱讀器。圖紙軟件為CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.壓縮文件請(qǐng)下載最新的WinRAR軟件解壓。
  • 2. 本站的文檔不包含任何第三方提供的附件圖紙等,如果需要附件,請(qǐng)聯(lián)系上傳者。文件的所有權(quán)益歸上傳用戶所有。
  • 3. 本站RAR壓縮包中若帶圖紙,網(wǎng)頁(yè)內(nèi)容里面會(huì)有圖紙預(yù)覽,若沒(méi)有圖紙預(yù)覽就沒(méi)有圖紙。
  • 4. 未經(jīng)權(quán)益所有人同意不得將文件中的內(nèi)容挪作商業(yè)或盈利用途。
  • 5. 眾賞文庫(kù)僅提供信息存儲(chǔ)空間,僅對(duì)用戶上傳內(nèi)容的表現(xiàn)方式做保護(hù)處理,對(duì)用戶上傳分享的文檔內(nèi)容本身不做任何修改或編輯,并不能對(duì)任何下載內(nèi)容負(fù)責(zé)。
  • 6. 下載文件中如有侵權(quán)或不適當(dāng)內(nèi)容,請(qǐng)與我們聯(lián)系,我們立即糾正。
  • 7. 本站不保證下載資源的準(zhǔn)確性、安全性和完整性, 同時(shí)也不承擔(dān)用戶因使用這些下載資源對(duì)自己和他人造成任何形式的傷害或損失。

最新文檔

評(píng)論

0/150

提交評(píng)論