昆蟲基因數據庫平臺的構建及其關鍵技術的研究.pdf

1、隨著分子生物學領域研究的不斷深入，多種生物基因組測序工作已經或者即將完成，隨之產生了大量的生物數據。這些數據的出現導致了生物信息數據庫數量的快速增長。目前昆蟲的基因序列數據有兩種數據庫來源，一是針對個別物種的專門數據庫，二是存儲諸多物種基因數據的大型綜合數據庫。針對專門物種的數據庫數量不多，而綜合數據庫中數據的物種和類型都比較多樣，對于只針對某類物種的研究來說不夠方便和細化。因此，構建一個專門物種的基因數據庫具有非常重要的意義。

2、　　 本論文首先介紹了生物信息數據庫的概念和分類，總結了國內外生物信息數據庫的發(fā)展現狀。接著針對昆蟲基因數據庫平臺實現過程中的一些關鍵技術進行了深入的研究和重點的介紹。結合不同來源的昆蟲基因數據存在的結構差異，分別對各種結構的數據進行了詳細的概念設計和存儲設計，并在此基礎上以MySQL作為后臺數據庫構建了一個昆蟲基因數據庫。該數據庫包括了實驗室測序得到的八種農業(yè)害蟲轉錄組數據、昆蟲EST數據、豌豆蚜、岡比亞按蚊、蜜蜂、家蠶、黑腹果蠅、

3、赤擬谷盜等六種昆蟲的基因組數據。為了進一步完善用戶對昆蟲基因數據庫的使用需求，本文設計并實現了數據庫序列檢索與下載、文獻檢索、BLAST序列比對、GBrowse基因組圖形化展示等功能，提供基于關鍵字的序列檢索，數據的整體和分類下載以及檢索結果的即時下載，并支持相關文獻資料的檢索，同時整合了基于BLAST算法的序列比對的分析工具，提供序列比對的在線服務，并針對豌豆蚜等六個已測序的物種提供了基于GBrowse的基因組的圖形化展示服務。最終構