基于禁忌搜索的雙向聚類問題研究.pdf

1、隨著生物信息學的快速發(fā)展，DNA基因表達芯片被研制出來，成為一種重要的基因表達分析工具。通過對基因表達數(shù)據(jù)矩陣分析可以解決一些生物學問題，獲取基因功能和基因調(diào)控信息,有助于研究人員了解基因組之間的相互關(guān)系，從而認識和醫(yī)治一些遺傳疾病。在雙向聚類算法提出以后，其在分析基因表達數(shù)據(jù)方面發(fā)揮著重要的作用。
　　本論文采用禁忌搜索算法來解決雙向聚類問題，提出了一種基于禁忌搜索的雙向聚類算法。該算法建立基于禁忌搜索的雙向聚類模型尋找雙向聚類

2、簇，采用禁忌思想，通過引入一個合適的存儲結(jié)構(gòu)和對應的的禁忌準則來避免陷入局部搜索，從而獲得全局最優(yōu)。論文主要包括以下內(nèi)容：
　　1、算法運用Cheng和Church提出的均方殘差值概念評判雙向聚類簇的質(zhì)量，建立基于禁忌搜索的雙向聚類模型。通過雙向聚類模型尋找均方殘差值小，體積大的雙向聚類簇。
　　2、算法中采用一種自適應搜索策略，通過候選集和鄰域的互相配合，調(diào)整候選集中用于集中性搜索策略和多樣性搜索策略的元素個數(shù)，從而較好的

3、解決了禁忌搜索算法中集中性和多樣性二者之間平衡問題。
　　3、實現(xiàn)了基于禁忌搜索的雙向聚類算法，對算法的相關(guān)參數(shù)的設(shè)置進行了討論。使用基于禁忌搜索的雙向聚類算法對酵母菌基因表達譜數(shù)據(jù)集和淋巴瘤 B細胞表達譜數(shù)據(jù)集進行分析處理，尋找這兩個基因表達數(shù)據(jù)集中的雙向聚類簇。分析基于禁忌搜索的雙向聚類算法的實驗結(jié)果，并將實驗結(jié)果與其他雙向聚類算法進行對比。
　　將基于禁忌搜索的雙向聚類算法運用到基因表達數(shù)據(jù)上，能夠有效的找到高質(zhì)量的雙