癌癥基因組數(shù)據(jù)可視化研究分析平臺開發(fā)及實現(xiàn).pdf

1、隨著生命科學的迅猛發(fā)展和測序技術的進步，人們逐漸可以從基因的層面去分析癌癥的致病機理。對測序產(chǎn)生的基因芯片數(shù)據(jù)的分析和可視化已成為生命科學領域最重要的課題之一，癌癥基因組數(shù)據(jù)可視化技術在基因序列分析，遺傳密碼解讀，復雜疾病研究等方面具有重要意義。
　　本文分析了一些主流的癌癥基因組瀏覽器的優(yōu)缺點，對它們的可視化形式進行分析，并建立自己的可視化系統(tǒng)。我們的可視化系統(tǒng)采用B/S結果，將可視化工作分配給前端瀏覽器，并采用HTML5 Ca

2、nvas技術來進行前端可視化工作，服務器后臺則主要存儲數(shù)據(jù)腳本，實現(xiàn)了一定程度上的負載均衡。
　　原始數(shù)據(jù)包括拷貝數(shù)、DNA甲基化、基因表達、基因突變等，它們主要來源于UCSC Cancer Browser初步處理過的TCGA level3數(shù)據(jù)。對于所有的原始數(shù)據(jù)，我們按照存儲格式的不同將它們分為兩類，并分別應用不同的預處理方法進行處理。對于copy number型數(shù)據(jù)的切分，由于不同的樣本track采用不同的切分方案，我們采用一