毛果楊全基因組IQD基因的鑒定及表達分析.pdf

1、鈣調(diào)素(CaM)是一類重要的Ca2+受體蛋白、廣泛的存在于真核細胞中，其通過介導信號傳遞來調(diào)節(jié)細胞的生理功能。研究表明：IQD蛋白中含有數(shù)個鈣調(diào)素結(jié)合結(jié)構域（CaMBD），所以推測IQD可能參與并且協(xié)調(diào)了CaM和其同源蛋白之間的相互作用，在轉(zhuǎn)錄水平及轉(zhuǎn)錄后水平上來調(diào)節(jié)基因的表達，在植物體的生長發(fā)育以及應對各種逆境壓力中扮演著不可或缺的角色。本研究對毛果楊 IQD基因家族進行相關信息的鑒定分析，并對該家族成員進行理化性質(zhì)、染色體位置、系統(tǒng)

2、進化關系、外顯子/內(nèi)含子的結(jié)構、基因的復制和表達模式等方面全面開展研究，獲得以下主要結(jié)果：
　　1.在 Phytozome網(wǎng)站中進行序列搜索，隨后通過比對、篩選以及在線分析，最終篩選到40個毛果楊IQD類型基因并將它們分別編號為PtIQD1- PtIQD40。使用ExPasy站點對毛果楊IQD蛋白的相關理化性質(zhì)進行分析。亞細胞定位分析顯示，65％的毛果楊IQD成員定位在細胞核中。鈣調(diào)素結(jié)合位點分析表明，每條IQD蛋白都至少含有一個

3、鈣調(diào)素結(jié)合位點。
　　2.對這40個毛果楊IQD保守域進行序列比對，隨后構建系統(tǒng)進化樹并對其進行分組。分組結(jié)果表明：這40個IQD蛋白被分為四個亞家族(I、II、III、IV)。其中，第I和第III這兩個亞家族又可以分別細分為Ia、Ib、Ic以及IIIa、IIIb共5個小亞組。
　　3.對PtIQD基因的結(jié)構進行分析，結(jié)果顯示這40個基因編碼外顯子從2到6個不等。進一步分析發(fā)現(xiàn)許多旁系同源基因?qū)Χ加兄鴺O其相似的外顯子/內(nèi)含子

4、結(jié)構。
　　4.通過MEME網(wǎng)站對全部毛果楊IQD蛋白保守基序進行在線分析顯示，1號基序（motif1）是IQD的核心序列，即IQ motif，其廣泛存在于毛果楊IQD蛋白家族中。多數(shù)進化關系比較近的蛋白質(zhì)有著相同的基序組成模式。
　　5.利用MapInspect軟件獲得PtIQD成員的染色體物理定位信息，這40個PtIQD基因廣泛地分布在除7號染色體以外的其他18條染色體上。PtIQD基因組中，復制基因占整個PtIQD基因

5、家族的80%，且它們?nèi)坑善螐椭飘a(chǎn)生。
　　6. EST表達分析結(jié)果顯示，大多數(shù)IQD基因在不同的組織或器官中都有表達。同時，NCBI網(wǎng)站提供的微陣列數(shù)據(jù)分析結(jié)果顯示，多數(shù)IQD基因存在明顯的組織特異性表達模式。其中，14對復制基因?qū)χ械?對有著比較相似的表達模式。
　　7.利用qRT-PCR技術對PtIQD第III亞家族基因在茉莉酸甲酯（MeJA，100μM）以及聚乙二醇（PEG-6000，20%）這兩種脅迫處理條件下的