基因組全序列單核苷酸與二核苷酸組分的結(jié)構(gòu)特征分析.pdf

1、本論文以已測(cè)序的375條原核生物部分真核生物的全基因組序列為分析材料，對(duì)其GC含量和二核苷酸頻率分布的基本狀況及其在基因組起源與進(jìn)化方面的意義做了初步的分析和探討。我們的目的是，不采用比對(duì)和同源序列分析，而充分利用全基因組序列的信息完整性，來尋找序列間的進(jìn)化信息，并作為系統(tǒng)發(fā)育建樹的基礎(chǔ)。 由于物種進(jìn)化及自然選擇的作用，不同基因組對(duì)不同堿基的使用偏好不同。在長(zhǎng)期的進(jìn)化過程中，序列越短，其被改變的幾率也就越小，有可能在頻率等特性

2、方面存在著保守性。因此基因組中的核苷酸與寡聚核苷酸保留了大量的生物進(jìn)化信息，這些信息可以作為系統(tǒng)發(fā)育分析的基礎(chǔ)。本實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證了這種頻率保守的二核苷酸組合確實(shí)存在：AC、AG、CA、CT、GA、GT、TC、TG這8個(gè)組合在所有物種中顯示出保守的特性。此外，本文對(duì)原核生物基因組GC含量分布的基本狀況及其生物學(xué)意義進(jìn)行了探討，并根據(jù)不同GC含量的基因組中A、T、G、c出現(xiàn)頻率的偏離，即AT偏離(ATskew)與GC偏離(GC skew)，來分析

3、產(chǎn)生二核苷酸頻率保守性差異的原因，發(fā)現(xiàn)二核苷酸的頻率分布與鏈對(duì)稱性之間存在一定的關(guān)系。另外，對(duì)原核和真核生物的編碼區(qū)及非編碼區(qū)的GC含量及二核苷酸頻率分布特征進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。結(jié)果顯示，編碼區(qū)的GC含量普遍比非編碼區(qū)的要高，這在真核生物中表現(xiàn)得更明顯；而從二核苷酸頻率上來說，在本論文分析的真核生物與原核生物之間卻沒有發(fā)現(xiàn)明顯的差異，甚至在原核生物和真核生物各自的編碼區(qū)與非編碼之間的頻率差異也不是很明顯。對(duì)于編碼區(qū)與非編碼區(qū)的這種組成特征的生