動態(tài)蛋白質網(wǎng)絡的構建和蛋白質復合物識別研究.pdf

1、蛋白質組學是當前生命科學的新前沿，通過研究蛋白質的功能、結構、相互作用來系統(tǒng)地分析蛋白質，進而分析生命活動，成為熱點的研究問題之一。尤其是，從蛋白質網(wǎng)絡中識別蛋白質復合物對揭示蛋白質網(wǎng)絡的組成結構、預測蛋白質功能、解釋特定的生物進程具有重要的研究意義。
　　 靜態(tài)蛋白質網(wǎng)絡中的大量蛋白質相互作用數(shù)據(jù)是在不同條件和時間下積累而來的，從而不能精確反映細胞內部真實的動態(tài)變化，進而影響蛋白質復合物識別的準確性。本文針對靜態(tài)蛋白質網(wǎng)絡的缺

2、陷，提出了一種基于3-sigma法則來識別蛋白質活性時刻點，并將蛋白質活性時刻點與靜態(tài)蛋白質網(wǎng)絡相結合構建了動態(tài)蛋白質網(wǎng)絡的方法。為評估該網(wǎng)絡的性能，用MCL算法在該網(wǎng)絡上預測蛋白質復合物，同時也比較了算法在其他兩種網(wǎng)絡上預測蛋白質復合物的結果。結果表明，我們構造的動態(tài)蛋白質網(wǎng)絡是一個能夠更精確地反映真實的動態(tài)變化的網(wǎng)絡，從而能夠使算法更加準確地識別具有特定生物意義的蛋白質復合物。
　　 基于拓撲特性和功能相似性的蛋白質識別算法

3、忽略了蛋白質復合物形成的過程以及復合物的內部特征，本文從蛋白質復合物形成過程以及蛋白質活性狀態(tài)出發(fā)，提出了一種基于just-in-time機制和蛋白質活性的蛋白質復合物提煉方法。用該方法對已知算法預測的蛋白質復合物進行提煉，實驗結果表明提煉后蛋白質復合物在識別已知復合物的能力上以及準確性上都有較大的提高?；趈ust-in-time機制和蛋白質活性的蛋白質復合物提煉方法能夠更加準確地描述蛋白質復合物內部的特征，這也進一步驗證了生物特性在